穗状狐尾藻花两性，单性或杂性，雌雄同株，单生于苞片状叶腋内，常4朵轮生，由多数花排成近裸颓的顶生或腋生的穗状花序，长6-10厘米，生于水面上。如为单性花，则上部为雄花，下部为雌花，中部有时为两性花，基部有一对苞片，其中1片稍大、为广椭圆形，长1-3毫米，全缘或呈羽状齿裂。雄花：萼筒广钟状，顶端4深裂、平滑；花瓣4,阔匙形，凹陷，长2.5毫米，顶端圆形、粉红色；雄蕊8，花药长椭圆形，长2毫米；淡黄色；无花梗。雌花：萼筒管状，4深裂；花瓣缺，或不明显；子房下位、4室，花柱4，很短、偏于一侧，柱头羽毛状，向外反转，具4胚珠；大苞片矩圆形，全缘或有细锯齿，较花瓣为短，小苞片近圆形，边缘有锯齿。分果广卵形或卵状椭圆形，长2-3毫米，具4纵深沟，沟缘表面光滑。（《中国植物志》）
